GerdPPfeifer高通量癌症

环境因素与人类癌症发生发展密切相关。早在年就观察在职业扫烟囱的人中阴囊鳞癌非常普遍,主要因为暴露于煤烟所致,这是第一个与职业和环境暴露相关的肿瘤。

20世纪将啮齿类动物暴露于各种致癌因素,试验提供如下证据:紫外光和烟草化合物有效促进肿瘤形成。人类暴露于这些因素时,间接证据表明至少部分类型的人类癌症是由于环境因素所致。然而更明确的证据直到DNA测序用于鉴定人类肿瘤基因和基因组以追踪环境因素印迹时才最终获得。

美国GerdP.Pfeifer教授在CurrOpinOncol.杂志上发表了一篇综述,文中讨论了高通量测序癌症基因组的进展,这些进展进一步确认了环境暴露与癌症突变模式的相关性,同时也揭示了以往没有认识到的突变特征,这意味着人类还暴露于一些性质不明的致癌因素。

根据TP53推测人类癌症突变模式

采用Sanger测序方法筛选原癌基因和肿瘤抑制基因,结果显示编码肿瘤抑制蛋白P53的TP53基因在许多类型肿瘤中都有突变。即便在今天许多肿瘤基因组或外显子组都已经测序的情况下,TP53基因仍然在人类癌症中突变发生频度最高。

两个TP53的突变数据库包含成百上千报道的突变类型。非黑色素瘤皮肤癌与白皮肤人群的阳光暴露密切相关,序列分析非黑色素瘤皮肤癌中TP53基因,结果显示此类肿瘤中发现的突变由阳光中的紫外线导致。

皮肤癌有关的TP53突变很大程度上都是在二嘧啶位点的C到T的转化,而且经常包括CC到TT的串联突变。根据以往的实验室研究结果,紫外线的确能够诱导这些类型的突变。CC到TT的串联突变在其他致癌物诱导的突变中非常少见,身体内部位置的肿瘤几乎从未发现这种类型突变。这就提供了可靠证据,人类癌症中的确存在环境诱导突变。

分析肝癌中TP53基因发现了一个独特的突变类型,发生在密码子,AGG转化为AGT。该突变在一些特定地理位置的肝脏肿瘤中特别常见,这些地区通常食物中黄曲霉素污染是非常严重的问题。已知在实验中黄曲霉素可以诱导G到T的转化。以往认为肝癌中突变过程的诱发因素就是黄曲霉素暴露所致。

然而黄曲霉素如何特异的靶向密码子位置的鸟嘌呤仍不清楚,可能是与其它机制相互作用所致,包括乙型肝炎病毒等。如果密码子突变从TP53突变数据库中移除,那么突变的异质性会更明显,包括频繁的A:T碱基对突变,与结肠癌的突变模式非常不同。

肺癌中TP53的突变主要是G到T传化,这种突变类型在吸烟者比非吸烟者中更常见,这表明烟草中致癌物参与这种突变形成。烟草中的焦油包含很多致癌物并含有多环芳烃(PAHs),苯并芘是这组化合物中研究最多的。

当它进入细胞或组织时,这些复合物被解毒过程代谢活化,导致形成苯并芘衍生物,这种代谢过程的中间物能够与DNA强烈结合,形成共价DNA加合物,具有突变作用,使G到T转化。

TP53基因内G到T转化在六个热点突变位置是很常见的。将人类气道细胞暴露于苯并芘衍生物导致形成DNA突变热点,与吸烟者肺癌中常见的突变类型位置非常一致,该数据为肺癌与吸烟之间提供了特异的分子连接。

全癌基因组测序研究

因为高通量DNA测序技术的出现,已经使分析全癌症基因组成为可能。外显子组测序也受到







































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